Kościół p.w. św. Michała Archanioła w Karlinie wzniesiony został, jak podaje literatura, w 1510 roku na polecenie biskupa Martina von Carith oraz przez ówczesnego burmistrza i przedstawiciela kościoła w Karlinie Clausa Rinkholda.

Dzieje kościoła w Karlinie mają ścisły związek z Biskupami Kamieńskimi, którzy w 1385 roku założyli miasto. Schyłek XIV i początek XV wieku to okres licznych sporów i zatargów pomiędzy biskupami kamieńskimi z książętami zachodniopomorskimi oraz miastami Kołobrzegiem i Koszalinem. Długoletnie wojny zmuszały biskupów do zaciągania pożyczek i tak ówczesny biskup Jan Brunon w 1386 roku zapożyczył się na potrzeby wojny z Bogusławem VIII u rady miejskiej Kołobrzegu oddając w zamian zamek w Karlinie.

Wojna nasiliła się w 1409 roku. Na wskutek walk, latem Bogusław VIII splądrował i spalił miasto w tym także miejscowy kościół parafialny (zamek został niezdobyty). Dalsze walki powiększyły tylko długi biskupstwa do sumy równej połowie wartości folwarku karlińskiego. Biskup spłacił je dopiero w 1445 roku. W początkach XV wieku biskupi czynili starania o odbudowę spalonej świątyni. Świadczy o tym wzmianka, która mówi że w 1418 roku biskup Magnus wniósł skargę na księcia Bogusława VIII do Soboru odbywającego się w Konstancji. Efektem tych starań biskup otrzymał w 1418 r. 30 tys. guldenów tytułem odszkodowania przyznanego przez sobór w Konstancji na odbudowanie kościoła w Karlinie. Wydaje się, że przez około 100 lat od czasu spalenia miasta przez księcia szczecińskiego Bogusława VIII – w okresie wyraźnego upadku miasta i kryzysu spowodowanego nieustabilizowaną sytuacją polityczną, mieszkańcy korzystali z prowizorycznej kaplicy wzniesionej na miejscu zniszczonego kościoła. Drugą kaplicą była wybudowana przy szpitalu mała kaplica św. Jerzego, która służyła podróżnym niemogącym przebywać w mieście (między innymi trędowatymi). Wybudowana poza murami miejskimi zwana również Capella St. Georgicante oppidum Cörlin. Kaplica, św. Jerzego, przy końcu XV wieku była w tak złym stanie budowlanym, że nie opłacało się jej odbudowywać, a przy tym na ten cel zabrakło funduszy. Na początku XVII w. jej pozostałości – z rozkazu księcia i biskupa Franciszka – sprzedał landrat Christoph von Manteuffel – za 50 guldenów do Krukowa, gdzie budowano nowy kościół.

Normalizacja życia nastąpiła po 1500 roku za czasów sprawowania rządów przez biskupa Martina von Caritha (1498 – 1521). W tym że roku nastąpił kompromisowy układ między biskupem kamieńskim, a radą miejską Karlina. Ten że biskup nakłonił ówczesnego burmistrza karlińskiego Clausa Rinkholda do zbudowania nowego kościoła, który powstał w 1510 roku poświęcony św. Michałowi Archaniołowi.

Z badań architektonicznych jakie przeprowadzono w kościele w roku 2018 wynika, że wzniesiony w 1510 roku kościół parafialny został posadowiony w miejsce poprzedniego, który był zniszczony w 1409 roku. W strukturę prezbiterium nowego kościoła zostały włączone resztki murów Kościoła z XIV wieku.